獨立機關係指依據法律獨立行使職權，自主運作，除法律另有規定外，不受其他機關指揮監督之合議制機關。獨立機關設計之目的，最主要是因為其所裁決性、管制性或調查性之公共事務特別需要專業化、去政治化或必須充分顧及政治與社會多元價值，故不宜採用一般行政機關的模式，因為一般行政機關除非是一級機關（院層級），其他層級之行政機關均會受到上級機關之指揮、監督，致使其獨立性受到上級機關干預而可能產生不獨立之情形。
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我國獨立機關之屬性與特徵可歸納如下：
1.獨立機關仍為行政機關。
2.獨立機關之獨立性，係指其「行使職權」之獨立性。
3.獨立機關首長不參與內閣政務之運作。
4.獨立機關採組織法訂原則，應有組織法律始得設立。
5.獨立機關為合議制機關，委員採任期制，並且為專任，具有同一黨籍者不得超過一定比例。
6.相當二級機關之獨立機關首長、副首長及其合議制之成員，由一級機關首長提名經立法院同意後任命。
7.相當二級機關之獨立機關限五個。
8.獨立機關得下設附屬機關。
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依行政院組織法第9條規定，行政院設下列相當中央二級常設之獨立機關：中央選舉委員會、公平交易委員會及國家通訊傳播委員會。目前最受矚目之獨立機關則是依促進轉型正義條例（以下簡稱促轉條例）下設臨時性、任務性之促進轉型正義委員會（以下簡稱促轉會），其主要目的為促進轉型正義及落實自由民主憲政秩序，並重新檢視威權統治時期（34年8月15日起至81年11月6日止）違反自由民主憲政秩序之不法行為與結果，其主要任務為：
1.開放政治檔案。
2.清除威權象徵、保存不義遺址。
3.平復司法不法、還原歷史真相，並促進社會和解。
4.不當黨產之處理及運用。
5.其他轉型正義事項。
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促轉會之所以被視為是獨立機關則是因促轉條例第12條明訂：
1.促轉會應依據法律，獨立行使職權。
2.促轉會委員應超出黨派以外，依法獨立行使職權，於任職期間不得參加政黨活動。
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另促轉會存續的時間，依促轉條例第11條規定，促轉會將於2年之內完成其上述任務，如未完成，必要的時候得再延長1年，其任務完成後立即解散，故將促轉會視為臨時性、任務性之獨立機關，與行政院組織法所稱之常設性獨立機關有所區分。
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促轉會因其地位特殊，其處理之事項皆為高度政治性、具爭議性，故促轉會必須比一般的行政機關更為客觀、中立、具備更高的專業能力，並且與政治保持一定的距離，應僅負責提供管制性或調查性的公共服務，不宜兼負政策諮詢或政策協調統合之功能。此外，促轉會及其成員皆應「依法獨立行使職權」， 不受上級機關事前之適當性監督與適法性監督，也唯有如此，其機關成員在進行轉型正義調查時更具公信力與客觀性。
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參考資料：https://zh.m.wikipedia.org/zh-tw/%E7%8D%A8%E7%AB%8B%E6%A9%9F%E9%97%9C
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https://zh.m.wikipedia.org/zh-tw/%E7%8Dn%A8%E7%AB%8B%E6%A9%9F%E9%97%9C
https://www.npf.org.tw/1/2459
